Choć endodoncja jest bardzo dokładnym zabiegiem, a endodonta, który przeprowadza leczenie kanałowe, używa mikroskopu, bywa tak, że trudno jest dotrzeć do wszelkich odnóg zębowego kanału. W takiej sytuacji potrzebna jest resekcja zęba. Zabieg polega na dostaniu się do niewypełnionej części zębowego kanału, gdzie gnieździ się infekcja. By dojść do kości chirurg stomatolog tnie tkankę śluzówki. Taką metodą może dobrze zobaczyć ząb oraz usunąć objęte chorobą fragmenty. W momencie, gdy kanał jest już dobrze czysty wypełnia go stomatologicznym cementem.

Podobnie jak do leczenia kanałowego, obecnie w gabinetach dentystycznych, chirurg stomatolog przeprowadza resekcję zęba korzystając z mikroskopu. Dzięki temu, każdy zabieg jest wyjątkowo precyzyjny oraz umożliwia dentyście dotrzeć do wszelkich odnóg zębowego kanału. Często już po kilku dniach od wykonania zabiegu, chirurg stomatolog może zdjąć pacjentowi szwy. To, czy leczenie przebiegło poprawnie, można zbadać, po upływie czasu, czego gruntownym wyznacznikiem będzie zanik bólu.

Zwykle resekcja zęba konieczna jest, gdy chirurg stomatolog nie może zobaczyć dokładnie zęba. Na przykład z uwagi na inną budowę kanału. Czasem jest tak, że dookoła zaatakowanej tkanki znajduje się torbiel albo ropień okołowierzchołkowy. Wtedy nie ma możliwości dotarcia do zęba poprzez zabieg endodontyczny. Chirurg stomatolog oceni co będzie najlepsze.