To, czy można leczyć zęby w ciągu leczenia ortodontycznego, w głównej mierze interesuje pacjentów, którzy mają aparat stały. Nie można wyjmować go samemu, dlatego w obecności problemów niezbędna jest wizyta u lekarza ortodonty. Na początku leczenia aparatem ortodontycznym każdy pacjent musi zadbać o to, by jego zęby zostały całkowicie wyleczone. W ten sposób minimalizuje się ryzyko dodatkowych wizyt naprawczych w ciągu noszenia aparatu na zęby. Nie ma jednak przeciwwskazań do naprawy zębów, jeśli pacjent nosi aparat stały na zęby.
Korzystanie z aparatu ortodontycznego łączy się z podwyższoną potrzebą dbania o zęby. Ze względu na przyklejone na zębach zamki oraz inne elementy budowy aparatu ortodontycznego, wymiatanie osadów i resztek jedzenia jest nieco trudniejsze. Z tego powodu pacjenci korzystający z leczenia ortodontycznego muszą dokładniej czyścić zęby, zwłaszcza w okolicach aparatu ortodontycznego. Niedopilnowanie higieny w tym okresie, może oznaczać, że na wcześniej zdrowych zębach znajdą się próchnicowe zmiany. W tej sytuacji trzeba zapisać się na wizytę u stomatologa. Zignorowanie psucia się zębów z uwagi na aparat ortodontyczny może wywołać nieprzyjemne skutki. Próchnica z łatwością atakuje na inne zęby, więc bezpieczniej usunąć problem.
Leczenie w czasie używania aparatu jest dostępne. Jeśli aparat utrudnia dojście do popsutego zęba, można go ściągnąć na czas naprawy. Ten zabieg nie zagrozi skuteczności leczenia ortodontycznego.